É um serviço central da administração direta do Estado, dotado de autonomia administrativa, na dependência do Primeiro-Ministro ou do membro do Governo em quem aquele delegar. É dirigido por um Diretor Geral que é, em simultâneo, a Autoridade Nacional de Segurança (ANS),entidade que exerce, em exclusivo, a proteção e a salvaguarda da informação classificada.
Tem por missão garantir a segurança da informação classificada no âmbito nacional e das organizações internacionais de que Portugal é parte e exercer a função de autoridade de credenciação de pessoas e empresas para o acesso e manuseamento de informação classificada, bem como a de autoridade credenciadora e de fiscalização de entidades que atuem no âmbito do Sistema de Certificação Electrónica do Estado - Infra-Estrutura de Chaves Públicas (SCEE).