O IPDJ tem por missão a execução de uma política integrada e descentralizada para as áreas do desporto e da juventude, em estreita colaboração com entidades públicas e privadas, designadamente com organizações desportivas, associações juvenis, estudantis e autarquias locais.
No desporto intervém na definição, execução e avaliação da política pública, promovendo a generalização do desporto, bem como o apoio à prática desportiva regular e de alto rendimento, através da disponibilização de meios técnicos, humanos e financeiros. A ética no desporto é ainda um dos seus objetivos essenciais.
Na área da juventude o IPDJ dinamiza o apoio ao associativismo, ao voluntariado e promoção da cidadania, à ocupação de tempos livres, à educação não formal, à informação e à mobilidade geográfica dos jovens em Portugal e no estrangeiro. A revitalização do turismo jovem, em particular no que respeita à rede de Pousadas da Juventude e ao Cartão Jovem são igualmente atribuições essenciais.
Promover a formação e a qualificação dos quadros necessários ao exercício de funções específicas nas áreas do desporto e da juventude e assegurar a realização de ações de informação e sensibilização, nestas duas áreas, são duas atribuições do IPDJ facilitadas pela plataforma NAU que vem responder às necessidades de formação a distância de grandes grupos.